En efecto, como Enrique había dicho a Isabel, los sucesos militares tomaban un giro desgraciado. El general Uraga, con el ejército del Centro, había atacado valientemente la plaza de Morelia, ocupada ya por tropas mexicanas al mando del tristemente célebre don Leonardo Márquez. Y a pesar de la bravura de las tropas republicanas, el enemigo triunfó y rechazó a los asaltantes. La estrella de la patria se eclipsaba por entonces, y habían llegado los tiempos de la adversidad.
Este ataque a Morelia ocurrió a fines de noviembre de 1863. Uraga, dejando una división de tropas en el Estado de Michoacán, se dirigió con el resto del ejército al sur de Jalisco y llegó a Zapotlán, donde estableció su cuartel general a fines de diciembre.
Una vez desembarazado el enemigo de estas tropas que habían estado ocupando los Estados centrales, alejado también el general Doblado que había marchado con su división a Zacatecas dejando solo en el famoso cerro de San Gregorio, del Estado de Guanajuato, al valiente joven coronel José Rincón Gallardo, patriota que pertenece a una familia aristocrática (del antiguo marqués de Guadalupe) y que, sin embargo, enarbolaba con entusiasmo el pabellón de la República; una vez libre, repito, de estas gruesas masas de tropas nuestras, el enemigo pensó en hacer avanzar sus legiones a los Estados lejanos, y una división al mando del general Bazaine, compuesta de tropas francesas y mexicanas que habían abrazado su causa, se dirigió a Guadalajara, a donde se propuso llegar a principios de enero de 1864.
El general Uraga juzgó inútil resistir en la capital del Occidente, y meditó un plan de defensa que consistía en fortificar las Barrancas, es decir, en establecer una línea en el sur de Jalisco apoyándose en las poblaciones importantes de los distritos que lindan con la costa, y en el pequeño Estado de Colima, importante por sus recursos y por su puerto de Manzanillo.
A este fin ordenó el general Arteaga (el mártir de Uruapan), gobernador entonces y comandante de Jalisco, que evacuara a Guadalajara en los últimos días de diciembre, y que se retirara, con el objeto de incorporarse al ejército del centro que ya tomaba posiciones en la línea referida.
Arteaga así lo hizo, sacando sus pertrechos de Guadalajara en los últimos días de diciembre, y saliendo él mismo con sus tropas en los primeros días de enero de 1864, después de haberse dirigido el infortunado general Ghilardi con un pequeño grupo de patriotas, a Aguascalientes, en donde encontró a pocos días una muerte tan desgraciada como heroica en unión del patriota Chávez.
El gobernador de Jalisco se estableció primero en Sayula, dejando todavía algunas fuerzas de observación tendidas hasta Zacoalco y aun hasta Santa Ana, a pocas leguas de Guadalajara.
Bazaine, con su ejército de franceses y afrancesados ocupó sin combatir esta última ciudad el día 5 de enero de 1864.