Indispuesto ya de esta manera Alejandro, la primera cosa a que dio crédito fue la relación de Hefestión, que le comunicó haber convenido con él Calístenes en que adoraría y haber desmentido luego este convenio. Después, los Lisímacos y los Hagnones denunciaron a Alejandro que el sofista se andaba jactando de la destrucción de la tiranía, poniendo de su parte a los jóvenes, y esparciendo la voz de que él solo era libre entre tantos millares de hombres. Por este motivo, cuando llegó el caso de la conjuración de Hermolao, y se tuvieron las pruebas de ella, pareció verosímil la acusación que contra él se hacía, de que preguntándole Hermolao cómo se haría hombre célebre le había respondido: “Dando muerte al más célebre”. Atribuyéndosele además que excitando a Hermolao a la ejecución le había dicho que no temiese al lecho de oro, sino que se acordara que iba a tener ante sí a un hombre enfermo y herido. Sin embargo, ninguno de la conjuración de Hermolao profirió ni la más leve expresión contra Calístenes, aun en medio de los mayores tormentos y angustias. El mismo Alejandro, escribiendo en los primeros momentos a Crátero, a Átalo y a Álcetas, les decía que los jóvenes puestos a tormento habían confesado haber sido ellos los autores de todo, sin que ningún otro tuviese noticia; mas escribiendo después a Antípatro, ya culpó a Calístenes, diciendo: “Los jóvenes han sido apedreados por los Macedonios, pero al sofista yo lo castigaré, y a los que acá le enviaron y a los que dan acogida en las ciudades a los traidores contra mí”, en lo que aludía manifiestamente a Aristóteles: porque Calístenes se había criado a su lado, a causa del parentesco, siendo hijo de Hero, prima de Aristóteles. En cuanto a su muerte, unos dicen que fue ahorcado de orden de Alejandro, y otros, que falleció de enfermedad en la prisión; pero Cares escribe que después de su prisión estuvo siete meses aherrojado en la cárcel para ser juzgado en concilio, presente Aristóteles; y en los días en que Alejandro fue herido peleando en la India con los Malos Oxídracas, murió de obesidad y comido de piojos.