Mihai-Vodă se supără de venirea lui Basta, nu voi în nici un chip a-l cunoaște ca general-căpitan al țării, zicând ca el este numit căpitangeneral și prinț vasal și tributar al împăratului. El făcu cunoscut lui Basta că, de vreme ce a biruit pe cardinalul fără ajutorul nimului, va putea păstra prea bine țara în supunere, și el ar face bine a se trage în Ungaria de Sus, căci n-are trebuință nici de dânsul, nici de oștile sale. Dar Basta, care era sigur a dobândi el de la împăratul cârmuirea Ardealului, nu numai că nu voi a asculta cererea lui Mihai, dar încă pretinse să puie garnizoane nemțești prin cetățile Ardealului, silind pe Mihai, în numele împăratului, a primi aceasta măcar pe o vreme, până când Ardealul va fi cu totul liniștit și nu va mai avea a se teme de năvălirea streinilor. Mihai-Vodă, care primise în numele împăratului, și numai ca locotenent al lui, jurământul de credință al Țării Ardealului, jurase asemenea că va păstra toate privilegiurile și drepturile acestei țări. El era hotarât a-și ține jurământul chiar împotriva împăratului, al cărui scop înțelese că era a reduce țara într-o provinție a împărăției, iar nu a o ține ca o țară deosebită, liberă și numai dajnică coroanei sale, după cum se făgăduise întâi. Afară de aceasta, Mihai nu voia a lăsa din mână-i guvernul Ardealului, pe care îl câștigase cu sabia, și a-l vedea mai ales trecând în mâinile lui Basta, pe care de acum nu-l putea suferi.
Peste puțin, ura acestor doi oameni se vădi publicului într-o ciocnire care fu p-aci a aprinde flăcările războiului între dânșii. Basta, spre a începe îndeplinirea voinței sale d-a pune garnizoane din oștirea sa prin cetăți, trimise o ceată de germani ca să intre în cetatea Husta de pe Tisa. Dar comandantul român ce Mihai pusese în acea cetate nu voi să primească înăuntru oamenii lui Basta și, închizându-le porțile cetății, îi respinse înapoi cu vorbe răstite. Oastea împărătească fu nevoită a petrece noaptea acea în câmp pe o brumă și un frig mare și pe urmă a se întoarce îndărăt. Basta, aflând aceasta, se înfurie foarte și îndată începu a se găti de război, trimițând să-i vie călărimea din Silezia și pedestrimea după marginile vecine ale Ungariei și întocmindu-și astfel o numeroasă oaste supt arme. Mihai nu se lăsă mai în urmă și își strânse și el pe lângă sine toate puterile. Amândouă taberele era acum gata a începe război între dânsele și a se dumica una pe alta. Dar jurisconsultul Petz, om îndemânatec, ce se afla atunci în Ardeal, alergând când la Mihai, când la Basta și arătându-le primejdia în care se expune creștinătatea deschizându-se între ei un război civil, pre când Ibraim-Pașa, în Ungaria, începu a amenința prin mișcări războinice, izbuti, prin autoritatea cuvintelor lui, a-i împăca. Și deși ei urmară a se urî în inimă, dar în vederea oamenilor trăia în pace.
Mai apoi însă, rugat de Petz, Mihai primi în 24 dechemvrie, în cetatea Husta, pe lângă garnizoana românească, și 200 de soldați ai împăratului. În orașele Tatta și Somlyo încă era niște cete de nemți. Iar în celelalte cetăți, Mihai nu lăsă să intre garnizoane împărătești, zicând că aceasta este împotriva privilegiurilor și libertăților țării și că acum războiul încetând într-această țară, el n-are trebuință d-alte puteri, decât d-ale lui.
Aflând el prin comisarul împărătesc Petz că împăratul voiește a da cârmuirea Ardealului lui Basta, se mânie foarte de înșelăciunea, nemulțumirea și perfidia împăratească și strigă tare că în această revoluție Ardealul a dobândit mai mult un stăpân puternic, al cărui jug nesuferit o va împovăra, decât un apărător împotriva puterii turcești. Mihai impută încă prin vorbe amare cruzimea, scumpetea și obrăznicia cu care puțin mai nainte oamenii împărătești trataseră Ardealul.
În urma acestora, domnul făcu sfat cu toți boierii români și nobilii Ardealului, arătându-le lupta ce are cu oamenii împărătești pentru drepturile țării. La acest sfat, toți fură de părere și îndemnară pe Mihai ca să ție domnia acestei țări, fiind numai tributar către împăratul. Spre a face cunoscut împăratului această hotărâre a țării, Mihai îi trimise îndată doi soli, pe banul Mihalcea și pe logofătul Stoica, cei mai străluciți din sfetnicii lui. Aceștia, sosind în 13 ianuarie (1600) la Pilsen, înfățișară mai întâi împăratului, din partea lui Mihai-Vodă, sabia, buzduganul și steagul lui Andrei Bathori, precum și calul ce el încălicase în bătălie. Apoi ei îi făcură cunoscut că Mihai-Vodă nu se privește în Ardeal decât ca un guvernor spre a administra țara și a o păzi de năvălirile dușmanilor și că supt acest titlu el voiește ca împăratul să i-o încredințeze; al doilea, cerea ca să se hotărască ce să facă cu orașul Clujului, care de mai multe ori necunoscuse și trădase autoritatea împărătească și merită o pedeapsă pilduitoare; și, în sfârșit, cum să se poarte cu acei nobili din Ardeal care fugiseră și acum cerea iertare, vrând a se întoarce înapoi. Solii, după ce fură ascultați cu multă bunăvoință de împăratul și după ce m. s. ținu sfat, fură bine dăruiți și trimiși înapoi cu mare cinste, cu acest răspuns: „Că împăratul va trimite comisarii săi în Ardeal și că printr-înșii va face cunoscut lui Mihai voința sa.”
În vremea aceasta, sosise la curtea împărătească scrisori secrete ale lui Basta împotriva lui Mihai-Vodă, prin care el făcea cunoscut sfatului împărătesc că acest prinț voia să uzurpeze suveranitatea țării; că omenirea ce acest om barbar afectează și dragostea ce el arată că are pentru popoarele învinse măresc bănuielile și e de temut ca rugăciunile cele vii ce el face împăratului pentru păstrarea privilegiurilor țării și spre a-l îndemna a nu trimite într-însa oștiri streine, să nu ascunză gândiri ambițioase. Aceste scrisori aruncă în deosebite păreri sfatul împărătesc, sau mai bine acea camarilă de femei și de iezuiți ce cârmuia împărăția în locul slabului și leneșului Rodolf al II-lea. Unii, câștigați cu totul în favorul lui Mihai, striga că Basta scrie ca un rival și ca un pizmaș al gloriei sale; că Mihai este mult credincios împăratului și un căpitan cu merit și cu vitejie sublimă. Dar alții, și a căror părere birui, ziseră că trebuie a da mai mult crezământ lui Basta, căpitan credincios și cu sfat înțelept, decât lui Mihai, a cărui nesățioasă ambiție de a domni este deobște cunoscută.