Tout le milieu du XIe siècle allait être précisément occupé par des conflits concernant la légitimité de l’application de la dialectique aux choses divines et mettant, par conséquent, en doute la division des sciences, si fortement marquée, entre sciences des choses divines et sciences des choses humaines. A vrai dire ce furent à ce moment-là presque tous les dogmes qui furent attaqués au nom d’une dialectique que l’on apprenait dans le commentaire de Marius Victorinus au De Inventione de Cicéron : virginité de la mère du Christ, résurrection, immortalité de l’âme 0 ; mais la plus célèbre de ces attaques fut celle que mena contre la transsubstantiation un élève de Fulbert, Bérenger, directeur de l’école de Saint-Martin de Tours, archidiacre à Angers en 1040, et mort en 1088. Bérenger soutient que la consécration ne change pas le pain et le vin dans le corps du Christ ; le pain et le vin sont un sacrement au sens qu’a donné au mot saint Augustin, un signum sacrum, un signe visible qui nous fait aller, au delà de l’apparence sensible, à une idée ; mais le Christ n’a été immolé qu’une fois ; son corps, après la résurrection, reste incorruptible, et l’on ne peut concevoir sans contradiction qu’il puisse de nouveau pâtir et être brisé. « Si le pain et le vin sont appelés chair et sang du Christ, c’est parce que, en mémoire de la chair crucifiée, on célèbre un sacrifice qui rappelle la passion, et, par ce souvenir, nous invite à crucifier notre chair. » Bérenger rappelle à ses contradicteurs les règles de la dialectique ; le pain et le vin, que l’on appelle corps du Christ, sont appelés « in sacris litteris » species, similitudo, figura, signum, sacramentum, autant de termes qui, désignant des relatifs, ne peuvent être identiques au terme auquel ils sont relatifs, c’est-à-dire ici au corps du Christ. Toute l’argumentation revient donc à dire, sous différentes formes, que le dogme de la transsubstantiation ne peut s’énoncer sans absurdité 0.
La doctrine de Bérenger fut condamnée en 1050 par Léon IX au concile de Verceil, en même temps que celle de Scot Érigène, où l’on voyait aussi le danger du primat de la raison ; il fut forcé à l’abjuration en 1059 et en 1079. Il trouva contre lui bon nombre de clercs sortis de Chartres, parmi lesquels Hugues, évêque de Langres depuis 1031. Dans la lettre d’ailleurs fort respectueuse 0, qu’il lui adresse, Hugues lui reproche de ne pas connaître « la nature des choses qui existent », de ne pas tenir compte de « l’ampleur de la puissance divine qui dépasse la portée de nos sens » ; sa doctrine paraît faire obstacle au Dieu invaincu 0. Un autre élève de Chartres, Adelman de Liège, dans une lettre écrite avant qu’il connût bien la doctrine de Bérenger, s’élève en général contre la confiance accordée aux philosophes ; ceux-ci commettent bien des erreurs même en physique, par exemple lorsqu’ils supposent cette « absurdité » que le ciel et les astres sont en repos et que la terre est en mouvement (la théorie d’Héraclide du Pont qu’Adelman a pu lire dans le Commentaire du Timée de Chalcidius), et il cite bien d’autres « monstruosités » : ne trouve-t-on pas chez eux que le soleil ne chauffe pas et que la neige est noire ? Ce ne sont ni le sens ni la raison qui nous feront comprendre la transsubstantiation, pas plus que nous ne pouvons connaître par eux Dieu lui-même, « dont l’énigme surpasse tout entendement », et il attaque d’une manière générale les maîtres qui prétendent atteindre par la raison les réalités intelligibles et qui, de leur autorité propre, veulent imposer à leurs élèves des formules qu’ils ne comprennent même pas ; il reproche tout spécialement à Bérenger de ne pas s’en tenir aux auteurs éprouvés, Priscien, Donat et Boèce 0.
Le traité d’Alger de Liège, De sacramento corporis, appartient au contraire à la période finale de la controverse. Alger a à cœur de résoudre la question « non point par la raison humaine, qui n’a aucune compétence là-dessus, mais par le témoignage du Christ lui-même et des saints » 0 : la transsubstantiation est « de ces choses qui sont obscures pour la raison et manifestes pour la foi ». Il est à noter pourtant qu’il se sert de notions dialectiques sinon pour faire comprendre le dogme, au moins pour l’exprimer par des mots. Ces notions sont celles de la substance, qui est comprise par le seul intellect, et des accidents sensibles ou apparences, qui sont données au sens ; et il admet que le pain et le vin, quant à l’aspect et à la forme, ne soient appelés le corps du Christ que par similitude, tandis qu’ils sont réellement ce corps quant à la substance. Alger cède donc quelque peu sinon à la doctrine de Bérenger, du moins à sa méthode.
Mais ce mouvement de recul et cette impossibilité de se passer de la dialectique sont encore plus nets dans la discussion détaillée que Lanfranc, abbé du Bec, né en 1010, a faite de la doctrine de Bérenger, dans son Liber de corpore 0, discussion dont les termes ont été repris par Bernold de Constance. Dans ce traité écrit après plusieurs condamnations, Lanfranc commence bien par reprocher à Bérenger « d’abandonner les saintes autorités et de se réfugier dans la dialectique » ; lui-même, dit-il, il préférerait, quand il s’agit d’un mystère de la foi, s’en tenir à l’autorité ; mais il ne s’en place pas moins, pour répondre à son adversaire, sur le terrain de la dialectique ; il s’en excuse, il est vrai, en une phrase où s’unissent l’attrait et la répulsion pour cet art : « Bien que ses règles permettent de s’expliquer plus aisément, je cache, autant que je puis, cet art par des propositions équivalentes pour ne pas paraître me fier à lui plus qu’à l’autorité des Saints Pères 0. » Il n’en est moins vrai qu’il cherche à détruire les raisonnements de Bérenger, en y montrant des fautes contre les règles, une proposition particulière prise pour une universelle, un syllogisme ayant pour prémisses deux particulières. Il voit d’ailleurs dans l’armature logique de la doctrine une manière d’éblouir les ignorants.
De ces discussions qui se sont poursuivies tant d’années, tend à se dégager un résultat positif qui dissipe un peu l’ambiguïté de la notion de dialectique : on distingue la dialectique comme prétention à déterminer les cadres du réel et la dialectique comme simple art formel de la discussion ; ce que les adversaires de Bérenger réprouvent, c’est la dialectique au premier sens, qui prétend s’arroger le droit de limiter la puissance divine, en lui interdisant par exemple de changer la nature d’une chose, sous prétexte que les essences sont constantes ; cette conversion du pain dans le corps du Christ est ineffable, incompréhensible, miraculeuse, mais non pas du tout impossible. « Quelle philosophie, demande Ascelin à Bérenger après le concile de Verceil, a éclairé la nature de tout ? N’est-il pas plus vrai de dire que toutes les natures avec tout ce qui en découle sont causées par la volonté de Dieu 0. » Si la dialectique ne compte pas comme moyen de déterminer les natures des choses, elle garde son rôle entier comme art de discussion.