La Ministerul Cultelor s-a produs o criza în relaţiile cu Biserica Ortodoxa din cauza acţiunii necugetate a Preotului Stefan Palaghita, care fusese numit Inspector la acest minister. Fire impulsiva şi dezordonata, şi-a pus de gând sa epureze înalta ierarhie bisericeasca de vlădici care nu făceau cinste scaunului pe care şedeau.
După o perioada de cercetări, a întocmit dosare împotriva a trei episcopi, pe care-i acuza de grave nereguli administrative, simonie şi păcate omeneşti. Traian Brăileanu, care guverna şi acest minister, şovăia sa dea curs anchetei întreprinse de Preotul Palaghita şi atunci a venit la mine cu dosarele, în speranţa ca voi fi mai accesibil argumentelor lui şi voi accepta sa ridic chestiunea în fata Generalului Antonescu. Acesta, la rândul lui, trebuia sa ceara Sfântului Sinod sa ia masuri contra culpabililor. L-am lăsat pe Preotul Palaghita să-şi desfăşoare concluziile la care a ajuns în ancheta lui. Mi-a deschis dosarele şi mi-a arătat o mulţime de piese acuzatoare, între care şi declaraţii de martori. Dosarele erau bine întocmite şi conţineau suficiente dovezi de a-i pune sub acuzaţie pe episcopi. După ce şi-a terminat rechizitoriul, am început să-i explic care este poziţia Mişcării fata de Biserica:
— Nu ne amestecam în afacerile interne ale Bisericii. Nu trebuie sa cădem în eroarea partidelor sau a Regelui Carol, care au degradat Biserica la un instrument al intereselor lor particulare. Statul trebuie sa ajute Biserica, dar fara să-i ceara nici un serviciu în schimb. Biserica este mult deasupra noastră, cum spunea şi Căpitanul. Forul care poate decide asupra conduitei Episcopilor este exclusiv Sf. Sinod, care nu trebuie supus la presiuni politice. Sf. Sinod trebuie sa rămână suveran pe iniţiativele şi deciziile lui”.
I-am spus în continuare ca atunci când Generalul Antonescu m-a întrebat la începutul guvernării „ce facem cu Patriarhul Nicodem”, i-am răspuns ca „trebuie lăsat unde e”. Mişcarea nu cere nici o satisfacţie pentru faptul ca în timpul guvernării carliste Patriarhul a justificat şi a binecuvântat crimele regimului. I-am amintit ca în declaraţia mea din 4 Iulie 1940, când am luat în primire Ministerul Cultelor, mi-am exprimat dorinţa de a vedea o Biserica libera şi independenta, dedicata exclusiv misiunii ei Divine, fiind telegrafic felicitat de Mitropolitul Balan.
Aceasta este poziţia Mişcării şi l-am invitat sa închidă dosarul contra Episcopilor şi sa se ocupe de alte treburi.
Preotul Palaghita a plecat dezamăgit de la mine. Dar între timp acţiunea lui a avut şi alte urmări care au provocat şi intervenţia Generalului. Ministerul Cultelor, instigat de Preotul Palaghita, a suspendat plata salariului Episcopului Gherontie al Constantei, cel mai învinuit dintre ei. Episcopul s-a plâns Generalului şi acesta a adus cazul în discuţia Consiliului de Miniştri, cerându-i lui Brăileanu sa repare ilegalitatea. Episcopul Gherontie nu fusese nici inculpat, nici judecat şi nici suspendat.
Mai târziu Preotul Palaghita a venit la mine cu o alta propunere tot atât de stranie, care privea de asta data mişcarea. şi anume, sa dau dispoziţii ca toţi legionarii sa iasă din organizaţiile de baza şi sa formeze un corp aparte, cum ar avea studenţii. Acest nou corp s-ar constitui pe regionale. Câte regionale are Mişcarea, atâtea regionale de preoţi sa fie. Bineînţeles, el râvnea sa fie seful acestui corp nou.
I-am respins şi aceasta idee, explicându-i ca daca am proceda la fel cu toate profesiile şi toţi intelectualii din Mişcare, daca avocaţii, medicii, inginerii, profesorii, învăţătorii din mişcare ar urma aceeaşi evoluţie, ieşind din organizaţia generala şi constituindu-se în corpuri aparte, atunci decapitam Mişcarea de cele mai bune elemente ale ei. Atunci cine sa conducă masele de legionari? La ora actuala avem preoţi şefi de judeţ, preoţi şefi de regiune, preoţi prefecţi. În prigoana, numeroşi preoţi au suferit lagăr şi închisoare şi am avut preoţi martiri, care au murit pentru popor în rând cu ceilalţi legionari ucişi. Rolul lor este mare în Mişcare. Daca i-am desprinde din mediul în care au crescut şi s-au format, am saraci Mişcarea de un factor important de aglutinare politica şi orientare spirituala.
Pentru a doua oara Preotul Palaghita a plecat dezamăgit de la mine. Era un agitat, un cap nebulos, victima a unei imaginaţii haotice, care-l împiedica sa vadă realitatea.